(一)办公室
协助局领导处理机关政务、协调机关事务;负责机关文秘、档案、信访、调研及行政后勤工作。
(二)规划科
组织编制全市交通基础设施(公路、水路、港口、地方铁路)建设和交通运输的发展计划、年度计划并组织实施;负责交通行业重点基本建设项目的前期论证、审查及后期评价工作;指导交通建设的招标投标工作;负责交通行业统计、预测和信息引导工作。
(三)财务审计科
拟订全市交通行业财务、会计 、审计工作的规章和规范性文件并监督执行;负责交通规费、通行费和综合管理;负责交通建设资金的筹集、使用和监督管理;审查交通行业自筹基本建设资金来源和利用外资工作;负责所属单位财务与会计工作的监督管理;按规定对交通专项资金进行审计监督。
(四)市场与法规科
指导交通行业体制改革和法制工作;负责交通政策规章的调研、起草并监督、检查实施情况;负责交通行政执法监督检查和行政复议工作。
(五)人事科
负责交通行业职业技术培训工作;按照管理权限,承担局机关和所属事业单位人事管理工作;负责交通信息通讯网络的建设和管理。
(六)组织宣传科
指导所属单位的组织建设、领导班子建设;负责离退休干部管理工作;负责宣传教育及思想政治、精神文明建设工作。
纪检委与监察合署办公,行使纪检和行政监察两种职能。
工会负责交通系统的工会工作。
机关党委负责机关党群工作。
(七)港政管理科
1、 组织起草辖区内港口的港章和具体的管理规定;
2、 起草辖区内港口布局规划及港口总体规划,并组织实施;
3、 负责港口建设项目前期工作的审核、报批,负责港口岸线审核;负责组织协调港口工程竣工验收工作;
4、 负责港口公用基础设施建设、维护和管理的相关工作;
5、 负责引航机构的筹建、引航业务和引航收费的管理监督;
6、 负责组织协调国家重点物资、抢险救灾物资、军用物资的运输及协调保障军事战备;
7、 负责港口信息收集、统计、发布和管理;
8、 负责港口与相关部门这间的协调和对外协作与交流;
9、 交通局赋予其它职能。

(八)口岸综合科
负责口岸工作计划的编制、组织实施和检查指导工作;负责统计、上报口岸生产、查验等各项工作数据;负责口岸开放和关闭的审查报批并组织落实。
(九)口岸管理科
负责口岸的年度、月份运输计划平衡工作,组织港区集疏运工作和路、港、贸的协作配合;编制仓储行业发展规划,并对仓储运输企业实施管理。
主办单位:营口市交通局
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